Каким образом оформляются выходные и праздничные дни, проведенные в командировке в Чеченской Республике? Существует ли приказ на эту тему?

Командировка оформляется как КОМАНДИРОВКА, так как и так отнесена к мероприятиям, проводимым без ограничения установленной продолжительности служебного времени.
Если Вы направлены именно в командировку.

См. пункт 5 Приложения № 2 к Положению о порядке прхождения военной службы и Приказ МО РФ № 492 от 10.11.98 года о перечне этих мероприятий.

_________________
Cogito, ergo sum ....